Limon suyunun sindirim sistemi üstünde olumlu etkisi bulunmaktadır. Sabahları güne ılık su limon içerek başlamak bağırsakların temizlenmesine yardımcı olmaktadır ve  mide öz sularının salınmasını arttırarak sindirime destek olmaktadır. Ayrıca hazımsızlık ve mide ekşimesi problemlerinin hafiflemesine ve yok olmasına yardımcı olmaktadır. Limonunun içerisinde çözünür bir lif olan pektin bulunmaktadır. Daha uzun süre tok hissedeceğiniz için atıştırma ya da kötü yemek tercihleri yapma ihtimali de tamamen azalmış olacaktır. Ilık su limon idrar söktürücü özelliği olmaktadır. Bu nedenle toksinler vücuttan daha hızlı atılarak bu da sistemin temizlenmesine ve sağlıklı kalmasına yardımcı olmaktadır. Limon suyu ayrıca idrar yolunun PH seviyesini değiştirmektedir ve böylelikle kötü bakterinin üremesini engeller. Ilık su limon  antiseptik özellikleri sayesinde ağızdaki kötü bakterilerin ölmesine yardımcı olmaktadır. Ayrıca bir bardak limonlu su kahveye göre daha sağlıklı bir güne başlanmasını sağlar. Limon suyunun kaç derece olması ile ilgili kanıtlanmış bir çalışma olmayıp genellikle oda sıcaklığında olması tavsiye edilmektedir. Eğer asidin diş minenize zarar vereceğine inanıyorsanız limonlu suyu içtikten sonra ağız su ile çalkalanabilir.